La deuxième partie de la Saison 2 va de l'épisode "Sueurs froides" à celui de "Métamorphoses" .Les résumés de cette page sont brefs. Pour avoir plus d'informations tels que le casting ou encore des photos complémentaires, le lien de l'épisode mène vers la fiche complète.
Le Pingouin donne des frayeurs à Gordon. Pendant ce temps, un très qualifié ingénieur en cryogénie nommée Victor Fries est impliqué dans une frénésie de cadavres laissés en piteux état.
Gordon et Bullock enquêtent à partir des indices de vol dans un musée qui ont été laissé leur attention par Nygma dans le cadre d'un jeu dangereux du chat et de la souris. Puis, le passé de Gordon revient le hanter quand une personne anonyme menace d'exposer sa participation au meurtre de Galavan. Pendant ce temps, le Pingouin rend visite à quelques vieux amis afin de rencontrer son père Elijah Van Dahl. De son côté, Bruce fait ses armes dans la rue.
Après le retrait de Gordon de la force d'intervention, il commence de faire face à de nouvelles menaces et dangers à l'intérieur des murs de la prison. Pour survivre, il doit compter sur un nouvel ami, ainsi que sur Bullock et d'autres aides extérieures. Pendant ce temps, le Pingouin se rapproche de son Père, alors que sa belle-mère et ses beau-frères et sœurs vont de l'avant avec leur propre plan pour la famille.
Dans une tentative pour restaurer son nom, Gordon vole son dossier et approche Nygma afin d'obtenir de l'aide. Pendant ce temps, Le Pingouin découvre le rôle de sa belle-famille dans la mort de son père, et se réveille de son conditionnement.
Gordon et Bruce questionnent le professeur Strange au sujet du Projet Chimère, ce qui mène Strange à envoyer Galavan fraîchement ressuscité pour une confrontation avec Gordon. Pendant ce temps, Nygma enquête afin de déterminer qui est vraiment le professeur Strange.
Azrael est lâché dans la ville de Gotham, ce qui est l'étincelle attendue par le Pingouin afin de déclencher sa vengeance. Pendant ce temps, avec l'aide de Selina, Bruce est enrôlé dans la traque du Professeur Strange qui cherche à éviter l'arrêt de ses expériences.
Hugo Strange accueille un visage familier à Gotham après qu'il ressuscite Fish Mooney à Indian Hill. Plus tard, Bruce découvre qu'un ami est en danger et fait équipe avec Gordon, Alfred et Lucius, tout en découvrant plus d'expériences de Strange.
Tandis que Gordon, Bruce et Lucius restent à Indian Hill, la ville de Gotham est satisfaite avec une nouvelle menace comme détenus de Hugo Strange concevoir un plan pour s'échapper et commencer leur nouvelle vie dans Gotham
